Đa số các trường hợp lồng ruột không xác định được nguyên nhân. Các yếu tố có thể cho là nguyên nhân gây ra lồng ruột ở trẻ em gồm:

  • Ruột dễ co bóp bất thường trong thời kỳ trẻ chuyển từ bú sữa sang ăn dặm. Thêm vào đó, do kích thước các đoạn ruột ở trẻ em quá chênh lệch nhau nên dễ xảy ra lồng ruột.

  • Khối u lành tính hay hiếm gặp hơn là ung thư ruột non, polyp trong lòng ruột, bệnh túi thừa Meckel hay những đợt nhiễm bệnh gây rối loạn co bóp ruột

  • Viêm ruột

  • Siêu vi