Từ lâu nay, nhiều báo cáo tác dụng không mong muốn về Ma hoàng đã đượccông bố. Việc sử dụng Ma hoàng có thể gây tác dụng phụ nghiêm trọng như rối loạn tâm thần, tăng nhịp tim, đột quỵ, nhồi máu cơ tim…

Năm 2000, tạp chí The New England Journal of Medicine của Anh đã công bố bài báo về tác động lên sức khỏe của các thực phẩm chức năng chứa Ma hoàng. Các nhà nghiên cứu đã xem xét 140 báo cáo về các biến cố bất lợi liên quan đến Ma hoàng được gửi tới Cục quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ (FDA) từ 1/6/1997 đến 31/3/1999. Kết quả chỉ ra 31% trường hợp biến cố chắc chắn liên quan tới việc sử dụng thực phẩm chức năng chứa Ma hoàng và 31% trường hợp có thể có liên quan. Trong các biến cố bất lợi, có 47% là liên quan đến các triệu chứng tim mạch (tăng huyết áp, đánh trống ngực, nhịp tim nhanh và đột quỵ) và có 18% liên quan đến hệ thần kinh trung ương. Có 10 biến cố dẫn tới tử vong và 13 biến cố gây ra thương tật vĩnh viễn. Các nhà nghiên cứu kết luận rằng việc sử dụng các sản phẩm bổ sung chứa Ma hoàng có thể gây nguy cơ về sức khỏe với con người.

Báo cáo về tính an toàn của sản phẩm chứa Ma hoàng so với các sản phẩm thảo dược khác đã được công bố trên tạp chí Annals of Internal Medicine năm 2003. Báo cáo chỉ rõ các sản phẩm thảo dược chứa Ma hoàng là nguyên nhân trong 64% những trường hợp phản ứng có hại gây ra bởi các sản phẩm thảo dược được ghi nhận. Nguy cơ các phản ứng có hại gây ra bởi Ma hoàng so với các thảo dược khác cao hơn tới 100 lần. Đồng thời, việc bán các thực phẩm chức năng chứa Ma hoàng nên bị cấm hoặc hạn chế nhằm phòng ngừa các phản ứng có hại có thể gây ra.

Trước những báo cáo về tác dụng phụ của các sản phẩm chứa Ma hoàng, từ năm 2004, FDAđã quyết định cấm bán các thực phẩm chức năng có chứa Ma hoàng với lý do "gây ra nguy cơ quá cao về bệnh tật hay thương tổn". Cơ quan quản lý dược nhiều nước cũng đã đưa ra những điều luật nhằm kiểm soát chặt chẽ các sản phẩm chứa Ma hoàng như cấm bán hoặc giới hạn hàm lượng Ma hoàng trong sản phẩm đưa ra thị trường.

Nếu tại Mỹ và nhiều nước Ma Hoàng bị cấm sử dụng trong các thực phẩm chức năng thì tại Việt Nam, Ma hoàng nằm trong “Danh mục dược liệu có độc tính sử dụng làm thuốc tại Việt Nam”cần được kiểm soát chặt chẽ về liều dùng, đối tượng dùng, đường dùng. Ma hoàng thường được kết hợp với nhiều loại thảo dược khác bào chế dưới dạng siro dùng trị rất tốt các chứng ho, hen. Việc sử dụng thường ở liều lượng thấp và ở dạng siro ngọt rất dễ uống, tuy nhiên không phải vì thế mà chúng hoàn toàn an toàn. Chúng vẫn có thể gây ra tác dụng bất lợi cho sức khỏe cần thận trọng.

Những người mắc các bệnh huyết khối động mạch vành, đái tháo đường, tăng nhãn áp, bệnh tim mạch, tăng huyết áp, bệnh tuyến giáp, thiểu năng tuần hoàn não…nên tránh dùng Ma Hoàng. Trẻ em dưới 6 tuổi và phụ nữ mang thai hoặc đang cho con bú cũng không nên sử dụng.

Đặc biệt, không nên dùng sản phẩm chứa Ma hoàng hay ephedrin nếu đang uống các thuốc ức chế enzym monoamine oxidase (IMAO) như các thuốc điều trị trầm cảm hoặc trong vòng 2 tuần sau khi ngưng dùng các thuốc IMAO do có thể làm tăng huyết áp nặng.