Giống như các loại vắc-xin đang được phép sử dụng, tiêm ngừa viêm não mô cầu rất an toàn, ít gặp các phản ứng phụ, nếu có thì các phản ứng thường rất nhẹ:
-Phản ứng sau tiêm não mô cầu tại chỗ: Người bệnh sẽ cảm thấy đau, nổi ban đỏ và cứng vùng tiêm trong vòng 24 giờ đầu sau tiêm.
-Phản ứng sau tiêm não mô cầu toàn thân: Người bệnh sốt nhẹ 38 độ C hoặc cao hơn không quá 2 ngày. Cảm giác khó chịu, đau đầu và buồn ngủ.

