Trên thực tế, các sản phẩm biến đổi gen rất khó nhận biết bằng mắt thường trừ một số sản phẩm thay đổi hẳn đặc tính cảm quan của cây trồng như dứa pha mùi mít, quả đu đủ màu vàng lại có màu xanh hoặc gạo vàng... thì sẽ phân biệt được trực tiếp không qua phân tích. Về mặt hình thức, thực phẩm chuyển gene không có gì khác biệt so với sản phẩm truyền thống mà chỉ có cách kiểm tra phòng thí nghiệm.

Việc nhận biết thực phẩm biến đổi gen rất cần thiết đối với nhiều ứng dụng như để đánh giá mức độ sạch của hạt giống hay đối với việc bắt buộc dán nhãn thực phẩm ở một số quốc gia. Vì thế nhiều kỹ thuật phân tích đã và đang được phát triển để đáp ứng nhu cầu này. Việc phát hiện và nghiên cứu thực phẩm biến đổi gen phải tiến hành ở hai mức độ:

- Bước thứ nhất (ở mức độ thấp) là phát hiện có hay không. Muốn chuyển một 


gene nào đó vào nông sản thì trong chuỗi gene sẽ có đoạn gene nối. Phát hiện đoạn 


gene nối tức là thực phẩm có chuyển gene.

- Bước hai thì phải trang bị đoạn gene chuẩn (đoạn gene primer) để so sánh và 


biết được họ đưa gene gì vào, như gene tăng cường chuyển hoá đường hay gene 


kháng sâu đục thân…           

Việc phát hiện GMO và dẫn xuất của nó có thể được thực hiện nhờ sự nhận 


biết phân tử (ADN, ARN hoặc protein) mà những phân tử này có nguồn gốc từ gene 


được chèn (hoặc gene được biến đổi). Có ba phương pháp để xác định GMO là:

- Phương pháp khuyếch đại dựa trên cơ sở nucleotid:  


            Phương pháp dựa trên cơ sở ARN.  


            Phương pháp dựa trên cơ sở AND. 

- Phương pháp dựa trên cở sở protein.   

- Phương pháp dựa trên cơ sở phát hiện hoạt tính enzym:  phương pháp này không thích hợp với các thực phẩm đã qua chế biến bởi vì lúc này protein đã bị biến tính .           

1. Phương pháp dựa trên cơ sở protein

- Kỹ thuật ELISA Phương pháp này nhờ vào sự liên kết đặc hiệu giữa protein và kháng thể. Kháng thể chính là tác nhân bảo vệ cơ thể chống lại sự xâm nhập của vi khuẩn và virus. Khi kháng thể nhận ra phân tử lạ thì sẽ liên kết với phân tử này, và trong các phân tích phát hiện GMOs thì sự phức tạp của mối liên kết lần lượt được nhận biết nhờ phản ứng hình thành sắc tố.

- Điện di SDS (Sodium Dodecyl Sulfate): kỹ thuật dùng trong hóa sinh, di truyền và sinh học phân tử để phân tách các protein theo tính linh động điện di của chúng (phụ thuộc vào chiều dài hoặc khối lượng phân tử của chuỗi polypep-tide, cấu hình (xoắn) của protein, các biến đổi hậu dịch mã và các nhân tố khác). Điện di SDS cho phép phân ly các phân tử protein có khối lượng khác nhau.

- Phân tích Western blot: phản ứng liên kết kháng nguyên-kháng thể có tính đặc hiệu rất cao. Vì vậy, có thể áp dụng phản ứng này để phát hiện sự có mặt cũng như tinh sạch protein. Kháng thể (antibody) được sử dụng trong kỹ thuật này có thể là những kháng thể đa dòng.

- Phân tích (Enzyme-linked Immunosorbent Assay) là kỹ thuật hóa sinh, cũng dựa trên phản ứng liên kết kháng nguyên-kháng thể, được dùng chủ yếu trong miễn dịch học để phát hiện sự có mặt của kháng thể hoặc kháng nguyên trong mẫu.

Trên thực tế, các sản phẩm biến đổi gen rất khó nhận biết bằng mắt thường trừ một số sản phẩm thay đổi hẳn đặc tính cảm quan của cây trồng như dứa pha mùi mít, quả đu đủ màu vàng lại có màu xanh hoặc gạo vàng... thì sẽ phân biệt được trực tiếp không qua phân tích. Về mặt hình thức, thực phẩm chuyển gene không có gì khác biệt so với sản phẩm truyền thống mà chỉ có cách kiểm tra phòng thí nghiệm.

Việc nhận biết thực phẩm biến đổi gen rất cần thiết đối với nhiều ứng dụng như để đánh giá mức độ sạch của hạt giống hay đối với việc bắt buộc dán nhãn thực phẩm ở một số quốc gia. Vì thế nhiều kỹ thuật phân tích đã và đang được phát triển để đáp ứng nhu cầu này. Việc phát hiện và nghiên cứu thực phẩm biến đổi gen phải tiến hành ở hai mức độ:

- Bước thứ nhất (ở mức độ thấp) là phát hiện có hay không. Muốn chuyển một 


gene nào đó vào nông sản thì trong chuỗi gene sẽ có đoạn gene nối. Phát hiện đoạn 


gene nối tức là thực phẩm có chuyển gene.

- Bước hai thì phải trang bị đoạn gene chuẩn (đoạn gene primer) để so sánh và 


biết được họ đưa gene gì vào, như gene tăng cường chuyển hoá đường hay gene 


kháng sâu đục thân…           

Việc phát hiện GMO và dẫn xuất của nó có thể được thực hiện nhờ sự nhận 


biết phân tử (ADN, ARN hoặc protein) mà những phân tử này có nguồn gốc từ gene 


được chèn (hoặc gene được biến đổi). Có ba phương pháp để xác định GMO là:

- Phương pháp khuyếch đại dựa trên cơ sở nucleotid:  


            Phương pháp dựa trên cơ sở ARN.  


            Phương pháp dựa trên cơ sở AND. 

- Phương pháp dựa trên cở sở protein.   

- Phương pháp dựa trên cơ sở phát hiện hoạt tính enzym:  phương pháp này không thích hợp với các thực phẩm đã qua chế biến bởi vì lúc này protein đã bị biến tính .           

1. Phương pháp dựa trên cơ sở protein

- Kỹ thuật ELISA Phương pháp này nhờ vào sự liên kết đặc hiệu giữa protein và kháng thể. Kháng thể chính là tác nhân bảo vệ cơ thể chống lại sự xâm nhập của vi khuẩn và virus. Khi kháng thể nhận ra phân tử lạ thì sẽ liên kết với phân tử này, và trong các phân tích phát hiện GMOs thì sự phức tạp của mối liên kết lần lượt được nhận biết nhờ phản ứng hình thành sắc tố.

- Điện di SDS (Sodium Dodecyl Sulfate): kỹ thuật dùng trong hóa sinh, di truyền và sinh học phân tử để phân tách các protein theo tính linh động điện di của chúng (phụ thuộc vào chiều dài hoặc khối lượng phân tử của chuỗi polypep-tide, cấu hình (xoắn) của protein, các biến đổi hậu dịch mã và các nhân tố khác). Điện di SDS cho phép phân ly các phân tử protein có khối lượng khác nhau.

- Phân tích Western blot: phản ứng liên kết kháng nguyên-kháng thể có tính đặc hiệu rất cao. Vì vậy, có thể áp dụng phản ứng này để phát hiện sự có mặt cũng như tinh sạch protein. Kháng thể (antibody) được sử dụng trong kỹ thuật này có thể là những kháng thể đa dòng.

- Phân tích (Enzyme-linked Immunosorbent Assay) là kỹ thuật hóa sinh, cũng dựa trên phản ứng liên kết kháng nguyên-kháng thể, được dùng chủ yếu trong miễn dịch học để phát hiện sự có mặt của kháng thể hoặc kháng nguyên trong mẫu.